目前跨境电商的物流成本占交易总额的20-30%，整体物流成本相对较高。事实上，与国内快递行业的物流成本率(一般占客户单价的5%以下)相比，跨境电商的物流成本在跨境电商总成本中所占的比重要大得多。
造成这种情况的主要原因如下:
1.环节多，流程复杂
直邮和海外仓模式均涉及国内首次，包括:商家或物流商提货；国内仓库的仓储、验货、分类、贴标、订舱和打包装；国内报关；并通过海运或空运将货物运送到目的地国家。
直邮模式下，直邮模式由当地物流商或国际物流公司承担，然后在海外仓库以后端仓库的形式进行入库、检验、上架、储存。客户下单后，仓库进行配送，然后由当地物流公司承接。同时，海外仓还可以提供退换货、客服等增值服务。
2.容易受海外关务和税收*策影响
无论是直邮还是海外仓，跨境货物都必须经过外国海关的通关手续，并按规定缴纳相关税费后，才能合法销往海外。跨境电商物流系统直接面临来自国外的监管和法律风险，也会受到国际*治经济形势变化的影响。比如英国退出欧盟后实施的新税法中的延迟增值税制度，会直接影响到相关物流企业，比如货代或清关银行承担的货物转运连带责任。
3.运输主体和形式多样，缺乏有效贯穿全链条的资源整合
运输和直邮模式的主体可能涉及邮*公司、国际快递公司、货运代理或有跨境物流业务的国内快递公司、航空或航运公司、商业通关公司和出口国当地快递公司。与直邮模式相比，海外仓模式更多的是第三方海外仓服务商或自开。跨境电商物流的主体和流程复杂多样，资源整合难度大。缺乏有效的资源整合者贯穿上下游，为客户提供端到端的跨境电商物流服务。